تحتفل الكنيسة القبطية الأرثوذكسية بذكرى نياحة القديس البابا مكاريوس الثالث البطريرك الـ 114، وعلى خلفية الاحتفالات قال السنكسار الكنسي إنه في مثل هذا اليوم من سنة 1661 ش (سنة 1945 م ) تنيح القديس مكاريوس الثالث البطريرك الرابع عشر بعد المائة .
ويُشار إلى أنه انعقد المجمع المقدس برئاسته وأصدر في أول يناير سنة 1945 م بعض القرارات منها تمثيل كنيسة أثيوبيا في المجمع الإسكندري – تبادل البعثات بين مصر وأثيوبيا وإنشاء معهد إكليريكي بأثيوبيا قصر الطلاق علي علة الزنا وضع
قانون للأحوال الشخصية جعل لائحة ترشيح وانتخاب البطريرك متفقة مع القوانين الكنسية وتقاليدها – إنشاء كلية لاهوتية للرهبان – تشكيل لجنة دائمة لفحص الكتب الدينية والطقسية – المحافظة علي مال الوقف وحسن سير العمل بالديوان
البطريركي – تنفيذ قانون الرهبنة الصادر في 3 يونية سنة 1937 بكل دقة ، واستدعاء الرهبان المقيمين خارج أديرتهم – إنشاء سجل في كل كنيسة يقيد فيه أفراد كل عائلة قبطية ، وآخر يقيد فيه أسماء المعمدين والمرتقين إلى رتبة الشماسية والمنتقلين .
وفي يوم 6 يونية سنة 1945 م حل في القاهرة بطريرك روسيا فأوفد البابا مكاريوس وفدا من الآباء المطارنة لاستقباله ثم تبادلا الزيارات الودية .
وبعد ذلك اشتد الخلاف بين قداسة البابا والمجلس الملي العام مرة أخري ولم يحل هذا الخلاف دون تولي البابا أمر الدفاع عن كيان أمته وقوانين الكنيسة خصوصا قانون الأحوال الشخصية للطوائف غير الإسلامية.
فرفع رؤساء الطوائف غير الإسلامية بالقطر المصري وعلي رأسهم بطريرك الأقباط الأرثوذكس بتاريخ 30 مايو سنة 1945 م مذكرة إلى وزارة العدل بالاعتراض علي القانون الخاص بتنظيم المحاكم الطائفية للأحوال الشخصية وأخري إلى مجلس الشيوخ والنواب في 25 يونية سنة 1945 م تحوي الاعتراضات التي يجب الالتفات إليها حتى يصبح موافقا لأحوالهم وتقاليد عائلاتهم .
وكان البابا يشكو ضعفا شديدا ألم به في الأسبوعين الأخيرين من حياته اضطره لأن يلازم قصره معتكفا وفي مساء الخميس 24 مسرى 1661 ش ( 30 أغسطس 1945 ) شعر بتعب شديد وأصيب بهبوط في القلب فأسرع
الأطباء لإسعافه حتى مطلع الفجر وفي التاسعة والربع من صباح الجمعة 31 أغسطس سنة 1945 م صعدت الروح الطاهرة إلى بارئها وأحتفل قبل ظهر يوم الأحد 2 سبتمبر بتشييع جثمانه الطاهرة إلى
مقره الأخير بالكنيسة بين مظاهر الحزن والأسى ووضع تابوته بجانب أجساد البطاركة السابقين بعد أن أقام علي الكرسي البطريركي سنة واحدة وستة أشهر وتسعة عشر يوما أسكنه الله مساكن الأبرار.
وتصادف أن حصلت زلزلة في القاهرة في الساعة الثانية والدقيقة 45 وقت الدفن شعر بها الجميع فتأثرت نفوس المؤمنين لمشاركة الطبيعة لهم في الحزن على انتقال هذا القديس.
