قال البعض ان البابا شنودة اشتد مرضه قبل نياحته بسنوات، ما جعله يعجز عن إتخاذ القرارات بمفرده .
وقال القمص بولس الأنبا بيشوي السكرتير الخاص لمثلث الرحمات المتنيح قداسة البابا شنوده الثالث، خلال تصريحات لبرنامج (الذهبي)، المُذاع عبر قناة مي سات القبطية الارثوذكسية :هذا غير صحيح ، وامام الله والكل يشهد على ذلك ، ان البابا شنودة الى اخر يوم في حياته لم يُمل عليه قرار ولم يجبره احد على قرار
موضحا :” كان بيكتب ويقرا لاخر اسبوع في حياته، والبابا شنودة اتنيح وبجواره كتب واقلام واوراق .