على مدار حياة البابا شنودة الثالث، كانت علاقته برموز الدين الإسلامي قوية، الأمر الذي بدا جاليًا في حياته، حينما أقام أول مائدة إفطار فى الكاتدرائية ودعا إليها 150 من الشخصيات الإسلامية، فضلًا عن موقفه الشهير حينما مرض الشيخ محمد متولي الشعرواي وسافر لتلقي العلاج في خارج مصر، فوضع صورة الشعراوي على مكتبه وصلى ليُكمل الله شفاءه ويعود معافى من الخارج.
تلك العلاقة لم تنته حتى بعد وفاة البابا، فحينما ذهب المسيحيون اليوم السبت، لإحياء ذكرى وفاة البابا شنودة الثالث الـ12، من دير الأنبا بيشوي في وادي النطرون، وتحديدًا من مزار البابا شنودة الثالث، وجدوا ركنا خاصا في المزار بأئمة ومشايخ الأزهر، ومفتي الجمهورية الأسبق الدكتور علي جمعة.
وضم ركن علماء الدين بمزار البابا شنودة الثالث، لقطات تجمعه مع الشيخ محمد متولي الشعراوي، وجاد الحق شيخ الأزهر الأسبق، والدكتور محمد السيد طنطاوي شيخ الأزهر السابق، والدكتور أحمد الطيب، شيخ الأزهر الحالي، والدكتور علي جمعة مفتي الجمهورية الأسبق ورئيس مجلس الشئون الدينية بمجلس النواب.
وفي وقت سابق، تمت إذاعة خطاب نادر للبابا شنودة الثالث يرجع تاريخه إلى 46 سنة، بيّن خلاله سماحة الدين الإسلامي، وتعاليمه القائمة على احترام بقية الأديان، بقوله: أريد
أن أذكر أن الإسلام في جوهره، وفي روحه، وفي أساسه، يعامل غير المسلمين معاملة طيبة، نذكر من هذا الميثاق الذي أعطي لنصارى نجران، والميثاق الذي أعطي لقبيلة تغلب والوصية
التي قدمها الخليفة الإمام عمر قبل موته، ووصية الخليفة أبو بكر لأسامة بن زيد، والميثاق الذي أعطاه خالد بن الوليد لأهل دمشق، والميثاق الذي أعطاه عمرو بن العاص لأقباط مصر.
وأضاف: وأذكر أيضا العبارة الإسلامية الجميلة استوصوا بالقبط خيرًا فان لنا فيهم نسبًا ورحمًا.. وأذكر أيضًا الحديث الشريف من آذي ذميًا فليس منا، العهد لهم ولأبنائهم عهد أبدي لا ينقد، يتولاه ولي الأمر ويرعاه، وأذكر أيضًا في سماحة الإسلام ذلك الشرع الجميل الذي يقول وإن أتاك أهل الذمة فاحكم بينهم بما يدينون.
